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南區國稅局指出，即使執行業務者是依書面審核作業要點申報個人綜合所得稅，仍應依規定設帳並保存憑證，否則國稅局仍有權依當年度執行業務者費用標準，重新核定綜合所得稅額。

南區國稅局近日發現，轄內一位甲君是A聯合診所合夥人，94年度申報綜所稅結算時，按書面審核作業要點規定的純益率申報執行業務所得，南區國稅局原本按該 要點規定，核定甲君申報的所得，但後來依規定抽查時，因A診所未能提示帳簿文據供國稅局核定，因此重行按財政部頒定94年度執行業務者費用標準，核定甲君 綜所稅。

甲君不服，主張A診所94年度依該局書面審核作業要點第3點規定的純益率標準申報所得額，依所得稅法第80條第3項規定，納稅義務人申報的所得額如在稽徵 機關核定各該業所得額標準以上，稽徵機關只能以原申報資料作為書面審查所得額的基準，不可擅自以行政命令訂定審查程序，要求調閱帳簿文據，不符所得稅法規 定。

甲君認為國稅局作法違背司法院釋字第640號解釋。但他經提起復查、訴願均遭駁回，提起行政訴訟，仍被高雄高等行政法院判決敗訴。

高雄高等行政法院判決指出，書面審核作業要點是稽徵機關為簡化稽徵作業，推行便民服務，鼓勵執行業務者誠實記帳、申報所訂定，以達到便利徵繳作業的目的， 並非授權執行業務者，只要申報的純益率達到書面審核作業要點之標準，即可以不設置帳簿憑證，或者是免受查帳，判決甲君敗訴。