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大法官會議661號解釋直指，財政部對客運業偏遠路線虧損補助款課徵營業稅違憲，已對國庫產生連鎖退稅衝擊效應。財政部並確認違憲課稅屬「政府錯誤」，適用「陳長文條款」，退稅期不能設限，粗估退稅款恐破4億元，創下課錯稅的最高退稅紀錄。

661號解釋認為政府右手給錢，財政部左手課稅，有違補助款的精神。聲請釋憲的是台西客運，但估計大有、大南、首都與台北四家客運業者都會收到退稅款。

根據661號解釋精神，財政部也清查其他可能觸及違憲的相關課稅解釋，發現包括公路客運的老殘票價補助，以及油價上漲對客運與計程車業的差價補貼，可能也有違憲之虞。

「陳長文條款」是指稅捐稽徵法第28條，凡可歸責於政府的錯誤，退稅期不再設限，該修正條款於今年1月23日生效。客運業補助款案是首宗因大法官會議解釋違憲，導致政府必須採取無限期退稅措施的案例。

原以為「陳長文條款」的威力只限於房屋稅這種小型個案，畢竟政府會課錯稅的案子很少，沒想到竟然出現大規模的通案。財政部擔心，「陳長文條款「已成為國庫 緊箍咒，未來遭指違法課稅的案例，政府都必須面對無限期退稅的壓力，「一紙661號解釋就引爆逾億元退稅賠付款」，往後國庫衝擊難以預期。

財政部已行文交通部，要求提供客運、船舶經營偏遠路線的虧損補助金額，以便退稅。不過，為避免退稅範圍擴及過大，財政部傾向將退稅範圍限制在屬於虧損的補 助。即領取政府補助原因若非來自虧損，原則上將不予退稅。因此包括老殘票價、油價差額補貼，仍將維持課徵5%營業稅不變，亦不涉及退稅。

661號解釋針對財政部民國86年發布行政命令，就受領政府提供偏遠路線營運虧損補助款的汽車及船舶客運業者，按其補助款課徵5%營業稅，大法官認為違反憲法第19條規定，即日起不予適用。

由於這號解釋完全沒有緩衝空間，大法官會議6月做出違憲決議後，財政部必須立即採取必要處理措施。86年解釋至今已逾12年，財政部已確認此案可歸責政府，可不受五年退稅限制，「不管課錯多久，都要退稅」。

聲請釋憲的台西客運自86到90年間領受交通部補助款共8,200萬元，補助公民營大眾客運業偏遠路線虧損，因未報繳營業稅，由稅捐處在92年援用財政部86年課稅解釋以漏稅理由要求台西客運補稅，並處以三倍漏稅罰鍰。估計連補帶罰營業稅逾千萬元。